宏基因组测序—环境微生物研究
宏基因组学(Metagenomics),又称元基因组学,是以特定生境中的整个微生物群落作为研究对象,无需分离培养,直接提取环境样本DNA进行测序,研究环境微生物的群落 结构、物种分类、系统进化、基因功能及代谢网络等,已广泛应用于微生物领域。
应用方向
人体或动物微生态及其与疾病关联:
如肠道菌群,皮肤菌群,口腔菌群,肥胖、糖尿病、癌症等患者肠道微生物;
自然环境微生态:
如作物根系或受污染等土壤微生物,海洋、冰川、污水等水体微生物;
工业环境微生态:
如食品发酵液、酸性工业废水、污泥处理器等微生物多样性,以及产甲烷菌、硝化 / 反硝化细菌的功能基因研究。
食品或药品的微生物安全检测。
信息分析
分析内容=标准分析+高级分析。
以特定生境中的整个微生物群落作为研究对象,直接提取群落样本的DNA,采用二代测序技术,获得群落微生物基因信息总和。
分析内容 |
解决问题 |
测序数据质量评估 |
过滤掉低质量数据,保证数据质量 |
基因预测 |
基因预测及相关性分析 |
物种、功能注释 |
物种、基因功能注释及相关分析 |
CARD |
耐药基因相关分析 |
高级分析 |
解决问题 |
CAG/MLG分析 |
疾病和菌株关联研究 |
噬菌体 |
噬菌体及前噬菌体预测及分析 |
送样建议
样本类型 |
建议送样量 |
最低送样量 |
土壤/污泥/沉积物/腐殖质 |
3g |
1g |
水体滤膜(孔径 0.22-0.45μm/直径 3-4cm) |
3张 |
1张 |
空气滤膜(直径种类多,与采样器搭配,有明显颜色沉淀在滤膜上) |
3张 |
1张 |
拭子 |
5-10个 |
3个 |
瘤胃液/发酵液/组织液/冲洗液(离心有明显沉淀) |
3-5mL,沉淀1g |
1mL,沉淀0.5g |
粪便/肠道内容物 |
2g(小鼠6-10粒) |
0.5g(小鼠3粒) |
动物/人组织 |
1g |
0.5g |
牛奶/酸奶 |
30mL/50g |
10mL/5g |
食糜 |
2g |
1g |
食品表面拭子 |
10个 |
5个 |